事業承継・M&A補助金をもらうと、税金はかかりますか？

はい、補助金は法人税等の課税対象になります。補助金は経理上、交付を受けた事業年度の収益として計上するためです。

また、補助対象経費からは消費税と地方消費税を差し引いて計算する必要があり、消費税などの公租公課そのものも補助の対象外です。申告上の扱い（いつの年度の収益にするか、圧縮記帳などが使えるか）は公募要領には書かれていないため、顧問の税理士に確かめておくと安心です。

出典：事業承継・M&A補助金 16次 事業承継促進枠 よくある質問（Webページ） p.1
事業承継・M&A補助金 16次 事業承継促進枠 公募要領（Ver.1.0） p.53・67台帳で見る