【2026年最新】小規模事業者持続化補助金 インボイス特例のメリット・要件を解説

インボイス特例は、インボイス制度への対応によって負担が増えた事業者向けの特例です。会計システム導入や業務改善、販路拡大など、「インボイス対応後の経営強化」を進めたい事業者に向いています。

本記事では、このインボイス特例について詳細に解説します。インボイス対応を行う個人事業主や小規模事業者の方々には必見の内容です。

小規模事業者持続化補助金とは？

持続化補助金は、ものづくり補助金・新事業進出補助金・デジタル化・AI導入補助金と並び、通年で公募が行われている補助金です。年3〜4回の公募サイクルで実施されており、申請のチャンスが複数あります。

補助上限額は最大250万円（インボイス・賃上げ等の特例要件を満たした場合）、補助率は2/3〜最大3/4。小規模事業者にとって、自己負担を抑えて新しい挑戦ができる大きなチャンスです。令和8年度の予算規模は総額3,400億円にも上り、毎年約3万件以上の応募があります。

詳しくはこちら：【2026年】小規模事業者持続化補助金の最新情報を解説！

持続化補助金の申請枠【2026】

2026年度の持続化補助金の申請枠は以下の通りです。※クリックで解説記事へ

1. 通常枠（最も一般的。販路開拓や広告に使いたい方におすすめ）
2. インボイス特例（インボイス対応で費用が増えた事業者向け）
3. 賃金引上げ特例（従業員の給与アップを予定している場合に有利）
4. 災害支援枠（被災事業者の再建・復旧向け）
5. 創業型（創業間もない・これから事業を始める方）
6. 共同・協業型（複数事業者で連携する場合）
7. ビジネスコミュニティ型（商工会や団体での取り組み向け）

「自社はどの枠が最適かわからない」という方は、無料で確認できるガイドもご用意しています。最も選択されるのは「通常枠」ですが、追加要件を満たせば「賃金引上げ枠」や「創業枠」などの特別枠にも申請できます。能登半島地震の被災事業者の方はより優遇して補助を受けられる「災害支援枠」に申請できます。

詳しくはこちら：持続化補助金の申請枠（通常枠・特別枠）を徹底比較

持続化補助金 補助対象経費

持続化補助金では、事業計画に必要な経費のみが補助対象となります。補助対象経費は以下の13区分に分かれており、いずれかに該当する必要があります。

主な補助対象経費

• 機械装置等費（業務効率化設備・厨房機器・製造機械など）
  →機械装置費が補助される補助金はこちら
• 広報費（チラシ・パンフレット・広告運用・Web広告など）
  →広報費が補助される補助金はこちら
• 展示会等出展費（展示会出展料・ブース設営費など）
  →展示会出展が補助される補助金はこちら
• 旅費（販路開拓に必要な出張費など）
• 開発費（試作品開発・パッケージ試作など）
  →開発費が補助される補助金はこちら
• 資料購入費（専門書籍・市場調査資料など）
• 雑役務費（アルバイト・臨時スタッフ費用など）
  →人件費が補助される補助金はこちら
• 借料（機器レンタル・会場利用料など）
• 専門家謝金（専門家への相談費用など）
• 専門家旅費（専門家派遣に伴う交通費など）
• 設備処分費（設備更新に伴う既存設備の処分費）
• 委託費（HP・システム開発・調査委託など）
  →ホームページが補助される補助金はこちら
• 外注費（Web制作・動画制作・キッチンカーなど）
  キッチンカーが補助される補助金はこちら

なお、申請枠や事業内容によって対象・対象外となる経費が異なるため、「自社の取り組みが補助対象になるか不安」という方は、お気軽にご相談ください。

詳しくはこちら：【2026年】小規模事業者持続化補助金の補助対象経費を詳しく解説

持続化補助金 インボイス特例とは？

持続化補助金のインボイス特例は以下のような仕組みになっています。

インボイス特例は、元々インボイス枠という申請枠の1つでした。しかし令和4年度の第11回公募でインボイス枠が終了し、令和5年度の第12回公募（6月1日締切）からインボイス特例に改定されました。

補助上限・補助率

厳密にいえば、小規模事業者持続化補助金のインボイス特例は、申請枠ではありません。5枠ある申請枠のうち1つの枠を選び、インボイス特例を申請します。インボイス特例が適用された場合の補助上限額と補助率は、以下のとおりです。

例えば、通常枠を利用しインボイス特例を適用する場合、基本の補助金50万円に特例の50万円が加算され、最大100万円の補助が可能です。第12回公募からの新制度では、条件を満たす小規模事業者は、通常枠で最大100万円、特別枠では最大250万円の補助を受けられます。インボイス特例の申請を考えている方は、対象となる要件を確認してください。

インボイス特例の適用要件

小規模事業者持続化補助金のインボイス特例の適用要件は、2021年9月30日から2023年9月30日の課税期間で以下に該当することです。

• 期間内で一度でも免税事業者であったこと
• 免税事業者が見込まれる事業者のうち、適格請求書発行事業者の登録が確認できた事業者であること

インボイス特例の注意点は？

ただし、以下の場合はインボイス特例が適用されません。注意が必要です。

• 補助事業の終了時点でインボイス特例の要件を満たさない
• 小規模事業者持続化補助金の一般型において「インボイス枠」で採択を受け、補助事業を実施した（している）事業者
• 通常枠や特別枠の要件を満たさない

インボイス制度の登録には、別途手続きが必要です。申請から登録通知が送られてくるまでは、約1〜2ヶ月半かかります。インボイス特例を受けたい方は、できる限り早めに登録しましょう。インボイスの申請手続きに関しては国税庁の公式サイトで公開されているので、ご確認ください。

詳しくはこちら：【2026年】インボイス制度への申請・注意点を詳しく解説

持続化補助金 基本要件

小規模事業者持続化補助金に申請するには、主に「小規模事業者であること」と「補助対象事業者の条件を満たすこと」の2つが必要です。

ここでは、申請前に必ず確認しておきたい基本要件をわかりやすく解説します。

① 小規模事業者であること

持続化補助金は、その名の通り「小規模事業者」を対象とした制度です。業種ごとに、以下の従業員数要件を満たしている必要があります。

業種別の従業員数要件

持続化補助金は「小規模事業者」を対象とした制度のため、業種ごとに定められた従業員数以下である必要があります。

業種ごとの基準

• 商業・サービス業：5人以下
• 宿泊業・娯楽業：20人以下
• 製造業・建設業・その他：20人以下

ここで注意したいのが、「従業員数の数え方」です。実は、すべてのスタッフが人数に含まれるわけではありません。

従業員数に含まれない主な例

• 会社役員
• 個人事業主本人
• 業務委託・フリーランス
• 一定条件を満たすパート・アルバイト

詳しくはこちら：持続化補助金の「常時使用する従業員」とは？判断基準を解説

② 補助対象事業者の条件を満たすこと

従業員数だけでなく、以下の基本条件を満たしている必要があります。

主な対象要件

• 株式会社・合同会社などの営利法人、または個人事業主である
• 一定要件を満たしたNPO法人である
• 資本金5億円以上の大企業に100％支配されていない
• 直近3年間の課税所得の平均額が15億円以下である
• 申請時点で既に事業を開始している

つまり、「すでに事業を行っている小規模事業者」であれば、多くのケースで申請対象になる可能性があります。

詳しくはこちら：【最新】小規模事業者持続化補助金 2026年度も公募継続へ

持続化補助金の直近採択率

正直に申し上げると、直近の持続化補助金の難易度は上がっており、採択結果は非常に厳しいものとなっております。

たとえば第16回締切分の結果は、7371件の申請のうち2741件、採択率は37.2％でした。これは前回（第15回）の採択率41.8％を下回り、過去最低となる事業者にとって非常に厳しい結果となりました。

記事：【令和8年度】補助金採択率が急減！原因と成功の秘訣を解説

申請検討中・希望の方

補助金申請は膨大な時間と労力をかけても、採択されなければ一円も入ってきません。だからこそ、採択の可能性を最大限に高めるためには、“経験ある専門家の力を借りる”ことが最も合理的な選択肢です。

インボイス特例 よくある質問（FAQ）

インボイス特例について、よくある質問をまとめました。「自分も対象になるのか」「免税事業者でも申請できるのか」など、申請前に確認されることが多いポイントを解説します。

インボイス特例とは何ですか？

免税事業者でも申請できますか？

インボイス登録をしていれば自動で対象になりますか？

ホームページ制作や広告費にも使えますか？

補助金は先にもらえますか？

不採択でも再申請できますか？

Qほかの質問も見る持続化補助金のよくある質問→

出典・参考資料

• 小規模事業者持続化補助金＜一般型＞補助金事務局（商工会議所地区）  
• 小規模事業者持続化補助金について（中小企業庁）
• 補助金公募情報一覧（中小企業庁）
  ※本記事は上記公式資料をもとに作成しています。制度内容は変更される場合があります。申請の際は必ず最新の公募要領をご確認ください。

免責事項・ご注意

• 本記事について
  本記事は、中小企業庁・補助金事務局が公表している公式資料をもとに、情報提供を目的として作成しています。特定の補助金申請の採択を保証・推奨するものではありません。
• 制度変更について
  本補助金は公募回（現在：第19回）ごとに要件・補助率・スケジュール・申請枠が変更される場合があります。また申請窓口は商工会地区と商工会議所地区で異なります（事業支援計画書（様式4）の発行先が異なるため、事前に自社の管轄を必ずご確認ください）。
• 申請の際は必ずご確認ください
  商工会議所地区 補助金事務局サイトに掲載の最新公募要領
  管轄の商工会または商工会議所への事前相談（様式4の発行受付締切に注意）
  認定支援機関または中小企業診断士等の専門家への相談
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