新事業進出・ものづくり補助金は、申請のために一時的に資本金や従業員を減らしても対象になりますか？

対象外です。

申請時点や事業期間だけ資本金の減資や従業員の削減を行い、補助金の対象になることだけを目的にしたと認められると、申請時点にさかのぼって対象外になることがあります。不採択後に株式保有割合などを変えて再度申請する場合も、同じように対象外とされます。