医療法人は新事業進出・ものづくり補助金を申請できますか？

医療法人は対象外です。

公募要領では、医療法人のほか、財団法人・社団法人（公益・一般）や法人格のない任意団体も補助対象外とされています。会社または個人で、資本金か常勤従業員数が業種ごとの基準以下であることが必要です。