自身が保有している別会社でも申請は可能ですか?

「みなし同一事業者」にあたらなければ申請できます。新事業進出・ものづくり補助金では、親会社が議決権の50%超を持つ子会社などは同じ事業者とみなされ、そのうち1社しか申請できません。同じ事業者(みなし同一事業者を含む)からの応募は、1回の公募につき1申請までです。

また、自分が持っている別会社など資本関係のある事業者への支払いは、補助の対象外です。

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くわしい解説新事業進出・ものづくり補助金の対象者|創業・法人成り・グループ会社

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出典:新事業進出・ものづくり補助金 第1回 公募要領(1.3版) p.9・32詳しい条件を見る
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