補助金の書類はいつまで保存する？5年の数え方と電子保存の扱い
この記事の要点
補助金の帳簿と証拠書類は、補助事業が終わった年度の終了後から数えて保存します。数え始めの日、制度ごとに長くなる場合、残す書類の範囲、スキャンや電子データでの保存の扱いを交付規程と公募要領で整理しました。
この記事の目次
補助金の帳簿と証拠書類は、多くの制度で「補助事業が終わった年度の終了後5年間」保存します。事業が終わった日からではなく、その日が入る年度の末日から数えるので、実際には5年より長くなります。
成長加速化補助金のように報告期間の後から5年を数える制度や、補助金で買った設備を処分できない期間が続く場合は、さらに長く残します。
補助金の領収書や契約書をいつまで残せばよいのか、紙を捨ててデータだけにしてよいのかを知りたい方に向けた記事です。
持続化補助金、新事業進出・ものづくり補助金、省力化投資補助金、デジタル化・AI導入補助金、成長加速化補助金、事業承継・M&A補助金の交付規程と公募要領から、書類の保存に関わる所を整理します。
補助金の書類の保存義務とは？
補助金の書類の保存義務とは、補助事業の経理を示す帳簿と、支払いの裏付けになる書類を、決められた期間いつでも見せられるように残しておく義務のことです。税金の申告のための保存とは別に、補助金の交付規程で決まっています。
省力化投資補助金の交付規程は「第12条（補助事業の経理等）：補助事業の経費は帳簿と全ての証拠書類を備えて他の経理と区分し、補助事業の完了（廃止の承認を含む）の日の属する年度の終了後5年間、いつでも閲覧できるよう保存する。」としています。事務局や会計検査院の検査は入金の後にも来るため、その時に書類を出せることが保存の目的です。検査が来たときの流れは補助金の確定通知書とは？でも取り上げています。
保存の5年はいつから数え始める？
5年は、補助事業が終わった日からではなく、その日が入る年度が終わった日から数えます。持続化補助金の公募要領は、帳簿・証拠書類を補助事業の終了日の属する年度の終了後5年間、事務局等・中小機構・会計検査院の求めに応じていつでも閲覧できるよう保存するとしています1。
たとえば補助事業が9月に終わった場合、その年度の末日の3月31日から5年を数えるので、保存は事業の終了から5年半ほど続きます。国の会計年度に合わせて4月から翌年3月を1年度と数え、御社の決算期とは関係しません。
中止・廃止の承認を受けた場合も、承認を受けた年度から同じように数えます。補助事業がいつ終わったことになるかは補助事業期間とは？で取り上げています。
制度で保存期間が長くなる場合は？
保存期間の基本は5年ですが、数え始めが遅い制度や、財産の管理が続く場合は長くなります。
| 補助金 | 保存の決まり |
|---|---|
| 持続化補助金 | 補助事業の終了日が入る年度の終了後5年間 |
| 新事業進出・ものづくり補助金 | 補助事業に係る経理は収支の事実を明確にした証拠書類を整理し、補助金を受給した年度の終了後5年間保存する |
| 省力化投資補助金（一般型） | 経理の収支を明確にした証拠書類を整理し、補助事業の完了（廃止承認を含む）の日の属する年度の終了後5年間保存する。中小企業の会計に関する基本要領等に拠った計算書類の作成に努める |
| デジタル化・AI導入補助金 | 第18条（補助事業の経理等）：補助事業の経費は全ての書類を揃えて他の経理と分け、収支をいつも明らかにしておく。書類は補助事業の完了（廃止を含む）の年度が終わってから5年間保存する。 |
| 事業承継・M&A補助金 | 帳簿と支出の証拠書類は、事業が完了した年度の終了後5年間保存する。 |
| 成長加速化補助金 | 補助事業関係書類は事業化報告期間終了日の属する事業年度の終了後５年間保存 |
出典：中小企業成長加速化補助金（３次公募）公募要領 p.16『５．補助事業者の義務等④』台帳で見る
成長加速化補助金は、事業が終わった後の事業化の報告が5年続き、その後からさらに5年を数えるため、保存は10年を超えます。報告の期間の考え方は成長加速化補助金の採択後の流れで取り上げています。
保存しておく書類の範囲はどこまで？
保存するのは、補助金の申請書だけでなく、お金の流れを一続きで示す書類のすべてです。デジタル化・AI導入補助金の公募要領は「事務局・中小機構の検査や会計検査院の検査に備え、交付決定通知・契約書・注文書・納品書・請求書・振込受領書・領収書などを、補助事業の完了（廃止を含む）の年度終了後５年間保管し、閲覧・提出に協力する」と挙げています2。
- 申請と決定の書類：申請書の控え、交付決定通知書、計画変更の承認通知、確定通知書
- 取引の書類：見積書、発注書・契約書、納品書、検収の記録、請求書、振込の控え・領収書
- 帳簿：補助事業の経費をほかの経理と分けた帳簿、総勘定元帳の該当の行
- 実施の記録：成果物の見本や写真、業務日誌、勤怠の記録
- 財産の記録：取得財産等管理台帳
補助金で買った設備の管理台帳は、処分の制限がかかる間は保存の5年を過ぎても残します。処分の制限の期間は補助金で買った設備は売れる？で取り上げています。
電子データやスキャンで保存してよい？
電子申請や電子の請求書で受け取った書類は、データのまま保存できます。交付規程は「いつでも見せられること」を求めていて、紙で残すことまでは決めていない制度が多くあります。
ただし紙で受け取った書類は、スキャンしたデータを作っても原本を捨てないのが安全です。持続化補助金のビジネスコミュニティ型のよくある質問は、押印した様式の原本は手元に保管し、スキャンしたデータを送るよう求めています。
ネット広告やネット通販のように画面上で取引する経費は、取引画面の写しが証拠になります。持続化補助金の創業型は「ネット広告など電子商取引でも証憑で支払額が確認できる経費のみ対象。仕様提示・見積・発注・納品・検収・請求・支払の流れで取引画面の写し等を保存・提出できることを確認してから取引する」としています。証拠書類の不備で多い例は実績報告で差し戻される証憑の不備で取り上げています。
専門家から見た書類保存のポイント
保存した書類は、検査のためだけでなく、事業が終わった後の報告にも使います。採択事例545件のうち、成果を数字で示している事例は390件あり、売上や生産の記録を残しておくと、効果の報告で数字を出しやすくなります。
保存の手間が少なくて済む会社
会計ソフトと電子の請求書で取引を管理している会社です。補助事業の経費に印を付けて検索できるようにしておけば、取り出すのに時間がかかりません。
保存の仕組みを先に決めたい会社
複数の補助金を続けて使う会社や、担当者が入れ替わる会社です。補助金ごとに書類の箱やフォルダを分け、保存の終わる年を表紙に書いておきます。会計の処理は補助金の会計処理で取り上げています。
間違えやすい点
書類の保存で間違えやすいのは、数え始めの日と、取引先の書類の扱いです。
保存期間は事業の終了日や入金日から数えるのではありません。終了日が入る年度の末日から数えるので、早く捨てすぎないようにします。
見積書や請求書を取引先のシステムで見るだけにしていると、取引先がサービスをやめたときに出せなくなります。データは自社の保存先に落としておきます。
補助金の圧縮記帳を使った会社は、税務の書類も合わせて残します。くわしくは補助金の圧縮記帳とは？で取り上げています。
よくある質問
会社を畳んだ後も書類を保存する必要がありますか？
保存期間の途中で廃業する場合も、書類は残す必要があります。誰が保管するかを決め、事務局に相談します。
税務の保存期間と補助金の保存期間はどちらに合わせればよいですか？
両方を満たすように、長い方に合わせます。補助金の保存期間は年度の末日から数えるので、税務より長くなることがあります。
不採択だった申請の書類も残す必要がありますか？
保存の義務は採択されて補助事業を行った場合のものです。ただ次の申請で前の計画との違いを書く制度があるので、控えは残しておくと役に立ちます。
補助事業の担当者が退職したらどうすればよいですか？
ほかの質問も見る補助金のよくある質問出典（2件）
- 持続化補助金 通常枠 第20回 公募要領 第8版（商工会議所地区） p.25『10．補助事業者の義務（採択後に遵守すべき事項）』
- デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠 公募要領（第7回からの改訂版） p.32『４．留意事項 (カ)』
参考資料
- 持続化補助金事務局「持続化補助金 通常枠 第20回 公募要領 第8版（商工会議所地区）」
- 持続化補助金事務局「持続化補助金 創業型 第4回 公募要領 第8版」
- 持続化補助金事務局「ビジネスコミュニティ型 第10回 よくある質問 第3版」
- 中小企業基盤整備機構「新事業進出・ものづくり補助金 第1回 公募要領」
- 中小企業基盤整備機構「省力化投資補助金 一般型 第8回 公募要領」
- 中小企業基盤整備機構「省力化投資補助金 交付規程（一般型・カタログ注文型共通）」
- 中小企業基盤整備機構「デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠 公募要領（第7回からの改訂版）」
- 中小企業基盤整備機構「デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠 交付規程（第7回からの改訂版）」
- 事業承継・M&A補助金事務局「16次 事業承継促進枠 公募要領」
- 中小企業基盤整備機構「成長加速化補助金 3次 公募要領」
- 公募要領の台帳（持続化補助金）
- 公募要領の台帳（成長加速化補助金）
- 公募要領の台帳（デジタル化・AI導入補助金）
確認日：2026年10月17日
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