電子カルテ・レセコンに使える補助金｜対象のソフトの数と選び方

診療所の電子カルテやレセコンを入れ替えたいが、補助の対象になるソフトがいくつあり、いくらくらいのものが多いのか分からない。対象のソフトの数と価格、選び方を知りたい方に向けた記事です。

デジタル化・AI導入補助金は、業務のITツールの導入を補助する国の制度です。補助の対象になるソフトの決まりはデジタル化・AI導入補助金の公募要領の台帳で確かめられます。

登録は82シリーズ

デジタル化・AI導入補助金に登録された電子カルテ・レセコンは、2026年10月時点で82シリーズあり、登録番号は152件、扱うIT導入支援事業者は73社です。シリーズは、同じ製品のプラン違い・人数違いを1つにまとめた数です。IT導入支援事業者は、ITツールを事務局に登録し、導入を支援する事業者です。

出典：デジタル化・AI導入補助金2026 ITツール検索（中小企業基盤整備機構・公式）

業種別では、医療向けが77シリーズ（94%）、その他の業種が3シリーズ（4%）、歯科向けと農林漁業向けがそれぞれ1シリーズ（1%）です。医療向けのソフトが大半なので、業種向けの一覧は業種固有プロセスの一覧で確かめられます。

このカテゴリのソフトは、登録ソフトを探すから一覧で見られます。

真ん中の価格は95万円

登録ソフトの価格は、一番安いもので2.4万円、一番高いもので3,000万円と幅があります。価格を低い順に4つに分けると、下から4分の1が40万円、真ん中が95万円、上から4分の1が200万円です。

割合は82シリーズに対するものです。50万〜150万円の帯が37%で最も多く、150万円以上が33%で続きます。ソフトを扱う会社の探し方はIT導入支援事業者の探し方で取り上げています。

クラウド型が59%

登録ソフトの機能を見ると、クラウド型が59%で最も多く、インボイス対応が30%、AI機能が20%、生成AIが11%です。割合は82シリーズに対するものです。

クラウド型が多いので、月額や年額の利用料がどの経費に入るかを先に確かめると進めやすくなります。経費の決まりは公募要領の台帳の経費の行で確かめられ、利用料の扱いは「よくある質問」でも取り上げています。

選ぶときは4つの基準で見る

登録の数字から見ると、選ぶときは次の4つを確かめると絞りやすくなります。

1. プランごとに登録番号が違う：登録番号は152件で、シリーズの82より多いため、同じ製品でもプランで番号が分かれます。契約するプランの番号が登録されているかを、登録ソフトの一覧で確かめます。
2. クラウド型かどうか：クラウド型は59%、AI機能を持つものは20%です。月額の利用料が補助の対象になるかで、選ぶ幅が変わります。
3. インボイス対応かどうか：インボイス対応は30%です。インボイス枠では、「会計」「受発注」「決済」の機能を１つのみ有する場合、補助上限額は５０万円。機能の数を先に数えておくと安心です。
4. 医療向けかどうか：医療向けが94%です。御社の業種に合うかを先に見ると、候補をさらに絞れます。

御社が今使っている電子カルテやレセコンの入れ替えが補助の対象になるかは、AIで3分ほどで確かめられます。

AIで対象か確認する

自己負担の目安は47.5万円

通常枠で、真ん中の価格の95万円のソフトを入れる場合の目安を計算します。通常枠の補助率は１／２以内です。95万円に1/2を掛けると、補助額は最大で47.5万円（目安）になり、残りの47.5万円が自己負担の目安です。

補助額の幅は、ソフトが対応する業務の工程（プロセス）の数で変わります。プロセスの数に応じて、補助上限は５万円～１５０万円未満（１プロセス以上）、１５０万円～４５０万円以下（４プロセス以上）と決まっています。インボイス枠など通常枠以外は補助率が別なので、この計算は通常枠の目安です。

出典：デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠 公募要領（第7回からの改訂版） p.16『２－３ 補助対象経費、補助率及び補助額』台帳で見る

申請の流れはデジタル化・AI導入補助金の申請手順で確かめられます。

院内業務が10から5に減った例

採択事例のうち、電子カルテ・レセコンを入れた例を3件紹介します。3件とも、今のものづくり・新事業進出補助金の前身にあたるものづくり補助金の例です。デジタル化・AI導入補助金の前身はIT導入補助金で、ものづくり補助金とは別の制度です。

ものづくり補助金（令和元年度）で電子カルテを入れた例では、スタッフが出勤する必要のある院内業務が10業務から5業務に減りました。ものづくり補助金（平成25年度）でレセプトコンピュータと自動会計を入れた例では、患者のデータを一元管理するシステムが構築できました。

• 何の例か：電子カルテとテレワーク／四国初、電子カルテシステム等導入によるテレワーク勤務・オンライン診療可能な新しい動物病院モデル構築と働き方改革の実施
• 何の例か：レセプトコンピュータ／これから訪れるセルフメディケーション時代にむけた調剤薬局のシステム構築と医療体制崩壊を防ぐシステム構築
• 何の例か：電子カルテの院外活用／電子カルテが保持する医療情報システムの院外活用と安全管理

採択率は公募回で変わる

デジタル化・AI導入補助金の採択率は、最新回（26年4次）で44.4%です。この数字は、公募回ごとの採択データです。回ごとの推移は、次のグラフのとおりです。

採択されなかったときに理由を聞けるかは、補助金の不採択の理由は教えてもらえる？で取り上げています。

専門家から見たポイント

登録の数字から見ると、医療向けが多く、クラウド型が中心です。採択データでは、最新回の応募は1,836件、採択は816件でした。候補を絞った後の窓口選びは、IT導入支援事業者の探し方で確かめられます。

医療向けの登録から候補を絞る会社

登録の94%が医療向けなので、業種向けの一覧から候補を絞ると早く進みます。候補が複数あるときは、登録番号ごとの対象を並べて比べます。

クラウドで始める会社

クラウド型が59%なので、月額の利用料が補助の対象になるかを先に確かめたい会社に向いています。契約の期間と利用料の扱いを、申請の前に揃えておくと迷いにくくなります。

インボイス対応も一緒に進める会社

インボイス対応のソフトは30%です。インボイス枠では、会計・受発注・決済の機能が1つだけか、2つ以上かで補助上限が変わるため、機能の数を数えてから予算を組むと見通しが立てやすくなります。

登録の中から候補を絞る段階で迷ったら、専門家に無料で相談できます。

間違えやすい点

1. 登録されたソフトだけが対象：IT導入支援事業者が登録したソフトだけが補助の対象です。登録のないソフトは、機能が同じでも対象になりません。
2. プランごとに登録番号が違う：同じ製品でも、プランごとに登録番号が分かれます。契約するプランの番号で対象かを確かめてください。
3. 交付決定前の購入は対象外：対象外になるのは、交付決定前に購入したＩＴツールです。契約や支払いは交付決定の後に進めます。
4. リース・中古は対象外：リース・レンタル契約のＩＴツール（お助け隊サービスを除く）、中古品は対象外です。
5. 前身の例は今の決まりと違う：採択事例のものづくり補助金は平成・令和元年度の公募回のものです。今の補助上限や経費は公募要領で確かめます。

交付申請と報告の流れはデジタル化・AI導入補助金の申請手順で確かめられます。

よくある質問

登録されたソフトなら、どの価格でも補助されますか？

同じ製品でも、プランによって対象は変わりますか？

クラウド利用料は何年分まで対象になりますか？

締切はいつですか？

登録されたソフトはどこで探せますか？