調剤薬局システムに使える補助金｜対象のソフトの数・価格帯と選び方

調剤薬局でレセプトコンピュータの入れ替えを考えているが、どの登録ソフトが補助の対象で、いくらくらいの価格帯が多いのか分からない。登録ソフトの数と価格から選び方を知りたい方に向けた記事です。

デジタル化・AI導入補助金は、業務で使うITツールの導入費用の一部を補助する国の制度です。制度の全体は公募要領の台帳で確かめられます。

登録は35シリーズ、103の登録番号

デジタル化・AI導入補助金に登録された調剤薬局向けのソフトは、2026年10月時点で35シリーズ（登録番号103件）、扱うIT導入支援事業者は40社です。シリーズは、同じ製品のプラン違い・人数違いを1つにまとめた数です。

数の出典は「デジタル化・AI導入補助金2026 ITツール検索（中小企業基盤整備機構・公式）」です。

35シリーズは、すべて調剤薬局向けとして登録されています。登録ソフトは、次の2つのページから探せます。

• 登録ソフトの一覧
• 業種から探すなら業種固有プロセスの一覧

真ん中の価格は70万円

登録ソフトの価格は、一番安いもので2,800円、一番高いもので240万円と幅があります。真ん中は70万円で、下から4分の1は21.6万円、上から4分の1は150万円です。

割合は35シリーズに対するもので、四捨五入のため合計は100%になりません。予算から探すなら、一番多い10万〜50万円の帯が絞り込みの目安になり、個別の価格は登録ソフトの一覧で確かめられます。

クラウド型が71%、インボイス対応は49%

登録された35シリーズのうち、機能ごとの割合は次のとおりです。

割合はいずれも35シリーズに対するものです。クラウド型は、利用料が補助の対象になる年数に上限があります。対象の年数は、公募要領の台帳の対象経費の行で確かめられます。

選ぶときは4つの基準で見る

登録ソフトを比べるときは、次の4点で見ると判断しやすくなります。

1. 登録番号まで確かめる。登録番号は103件あり、対象かどうかは番号（プラン）ごとに決まります。シリーズ名だけでは判断できません。
2. クラウドなら対象の年数を見る。クラウド型は71%あります。利用料を何年分まで補助に入れられるかは、申請前に公募要領で確かめます。
3. 申請する枠を先に決める。インボイス対応のソフトは49%です。インボイス枠か通常枠かで補助率や補助上限が変わるため、枠を先に決めます。
4. AI機能が必要かを決めてから探す。AI機能のあるソフトは26%、生成AIを使うものは20%です。業務の流れから必要な機能を決めて絞ります。

御社が入れ替えたい調剤薬局システムが補助の対象になるか、AIで3分ほどで確かめられます。

AIで対象か確認する

真ん中の価格なら自己負担は35万円が目安

通常枠の補助率は１／２以内です。真ん中の70万円のソフトで、全額が補助対象経費になる場合、補助は最大35万円で、御社の自己負担は35万円が目安です。

通常枠の補助額は、５万円～１５０万円未満（１プロセス以上）の区分と、１５０万円～４５０万円以下（４プロセス以上）の区分に分かれ、計算した35万円は前者の範囲に入ります。補助の対象になるのは登録された経費に限られ、対象外の費用は全額が自己負担です。申請の流れはデジタル化・AI導入補助金の申請手順で確かめられます。

出典：デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠 公募要領（第7回からの改訂版） p.16『２－３ 補助対象経費、補助率及び補助額』台帳で見る

薬局の業務ソフトを入れた例は2件

調剤薬局の採択事例のうち、レセプトや業務ソフトの導入に当たる例は2件です。件数が少ないため、近い業種の記事もあわせて確かめてください。

1件目は、ものづくり補助金（平成25年度。今のものづくり・新事業進出補助金の前身）で、レセプトコンピュータと自動会計システムを入れた例です。患者のデータを一元管理するシステムが構築できました。2件目は、事業承継・M&A補助金（令和2年度 第3次補正予算）で、全店に同じ業務ソフトを入れた例です。店の間の人の行き来と調剤の作業が効率よくなりはじめました。

医療・福祉の業務システムの例は医療・福祉が業務システム・ITに使える補助金でも取り上げています。

採択率は公募回で変わる

デジタル化補助金の採択率は、最新回（26年4次）で44.4%です。数字は公式の採択データの結果で、回ごとの推移は次のグラフのとおりです。

採択されなかったときに理由を聞けるかは、補助金の不採択の理由は教えてもらえる？で取り上げています。

専門家から見たポイント

調剤薬局システムは、登録35シリーズから予算と業務の範囲で絞る進め方が基本です。公式の採択データでは、最新回の応募が1,836件、採択が816件でした。

予算の上限から絞りたい会社

価格帯は10万〜50万円が15シリーズで最も多く、150万円以上も9シリーズあります。予算の上限を先に決めると、比べる数を減らせます。

レセプトや会計まで一つにまとめたい会社

レセプトコンピュータと自動会計システムを入れて患者データを一元管理した例は、ものづくり補助金（平成25年度）にあります。業務全体の流れを先に決めると、登録ソフトの機能と合わせやすくなります。

複数店舗の業務をそろえたい会社

全店で同じ業務ソフトを使った例では、店の間の人の行き来と調剤の作業が効率よくなりはじめました。店舗ごとの業務を先に洗い出すと、そろえる範囲を決めやすくなります。

IT導入支援事業者の選び方は、次のページで確かめられます。

• IT導入支援事業者の探し方
• デジタル化・AI導入補助金の申請手順

登録番号の選び方や、御社の計画がどの経費に当たるかは、専門家に無料で相談して確かめられます。

間違えやすい点

間違えやすいのは、登録の範囲と、契約や購入の時期です。

1. 登録されていないソフトは対象外。IT導入支援事業者が登録したソフトだけが対象になります。
2. 登録番号ごとに対象が決まる。同じシリーズでも、登録番号（プラン）によって対象かどうかが分かれます。
3. 交付決定の前の購入は対象外。交付決定前に購入したＩＴツールは対象になりません。契約や支払いは交付決定の後に行います。
4. リースと中古は対象外。リース・レンタル契約のＩＴツール（お助け隊サービスを除く）、中古品は補助の対象になりません。
5. 事例は過去の公募回のもの。紹介した事例は平成25年度と令和2年度の採択で、補助率や補助額は今の公募要領で確かめます。

登録ソフトの探し方はデジタル化・AI導入補助金の登録ソフトを探すで確かめられます。

よくある質問

登録されていないソフトでも補助の対象になりますか？

クラウドの利用料は何年分まで対象ですか？

インボイス枠と通常枠は何が違いますか？

ソフトの契約はいつ行えばよいですか？

紹介された事例の使い方は、今も同じように使えますか？