補助金を申請できる会社・できない会社｜赤字・グループ会社と申請準備2026

「うちは赤字だから」「親会社があるから」と、補助金の申請をあきらめている社長は少なくありません。この記事では、国の主な6制度の公募要領を並べて、申請できる会社・できない会社の線引き、赤字やグループ会社の扱い、申請前に用意する書類を整理します。

補助金の対象になる中小企業・個人事業主は？持続化補助金だけ基準が違う

資本金か従業員数のどちらかが業種ごとの基準以下なら中小企業として扱われ、個人事業主も対象です。小規模事業者持続化補助金だけは従業員数のみで判断し、商業・サービス業なら5人以下に限られます。

成長加速化補助金、新事業進出・ものづくり補助金、省力化投資補助金、デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）、事業承継・M&A補助金の5制度は、中小企業等経営強化法などに沿ったほぼ同じ物差しを使っています。業種ごとの基準を並べた表です。

たとえば資本金1,000万円・従業員120人の小売業は、従業員は基準の50人を超えていますが、資本金が5,000万円以下なので中小企業に当たります。

小規模事業者の基準と持続化補助金

小規模事業者は、常時使用する従業員が商業・サービス業で5人以下、宿泊業・娯楽業と製造業その他で20人以下の会社と個人事業主です。小規模事業者持続化補助金はこの小規模事業者だけが対象で、資本金の基準はありません。

常時使用する従業員とは、解雇するときに予告が要る人のことです。持続化補助金の公募要領では、会社役員や同居の親族従業員、試用期間中の人は数えません。数え方の細かい例は持続化補助金の「常時使用する従業員」にまとめています。

制度ごとに上乗せされる条件

同じ中小企業でも、制度ごとに追加の条件があります。主なものを並べた表です。

新事業進出・ものづくり補助金の対象者の細かい条件は新事業進出・ものづくり補助金の対象者、省力化投資補助金は省力化投資補助金の対象者・経費ルールで詳しく扱っています。

出典：新事業進出・ものづくり補助金 第1回 公募要領 p.18『1-4-1. 補助対象者』

申請できない会社はどこ？みなし大企業と対象外の法人

規模が基準以下でも、大企業が株式の1/2以上を持つ会社や、直近3年の課税所得の平均が15億円を超える会社は対象外です。医療法人や社団法人などの法人形態も、制度によって外れます。

みなし大企業とは、資本金や従業員数は中小企業の基準に収まっていても、大企業に実質的に支配されているため大企業として扱われる会社のことです。5制度に共通する判定は次の3つが軸です。

• 同じ1社の大企業が、発行済株式の1/2以上を持っている
• 複数の大企業が合わせて、発行済株式の2/3以上を持っている
• 大企業の役員や社員を兼ねる人が、役員の1/2以上を占めている

これに当たる会社が株式をすべて持つ子会社なども、みなし大企業になります。中小企業投資育成株式会社や投資事業有限責任組合（ファンド）が株主の場合は、その持ち分ではみなし大企業になりません。

制度ごとの違いを並べた表です。直近3年分の課税所得の年平均が15億円を超える会社は、6制度とも対象外です。

過去の採択や申請中の案件で外れることもある

同じ系統の補助金を続けて受けた会社にも制限があります。新事業進出・ものづくり補助金は、申請締切から16か月以内に新事業進出・ものづくり補助金や事業再構築補助金などで採択された会社と、過去3年間にこれらの交付決定を2回以上受けた会社が対象外です。

持続化補助金は、過去の採択分の事業効果報告（様式第14）を出していない会社が対象外です。数字の根拠は新事業進出・ものづくり補助金の公募要領の台帳にまとめています。

出典：中小企業省力化投資補助事業（一般型）公募要領（第8回公募） p.18『2-2. 補助対象外となる事業者』

前期が赤字でも申請できる？赤字で補助率が上がる制度もある

6制度の公募要領を確認した範囲では、前期が赤字というだけで申請できなくなる要件はありません。持続化補助金と事業承継・M&A補助金には、赤字の会社の補助率を上げる仕組みもあります。

赤字の扱いを制度ごとに並べた表です。

持続化補助金の赤字特例を使うには、法人は直近1期の法人税申告書の別表一・別表四の写し、個人事業主は確定申告書第一表の写しを出します。

赤字は「審査でどう見られるか」の問題

設備投資型の3制度（成長加速化、新事業進出・ものづくり、省力化）は、赤字でも申請はできますが、審査では補助事業をやり切れる資金があるかを見られます。補助金は事業が終わってからの後払いなので、つなぎの資金を金融機関から借りられるかが実質的な分かれ目になります。

採択後の賃上げ目標に届かなかったときの返還にも、赤字の扱いがあります。新事業進出・ものづくり補助金、省力化投資補助金、デジタル化・AI導入補助金では、付加価値額が増えておらず、事業計画期間の過半数で営業利益が赤字だった場合などは、賃上げ未達による返還を求めないと定めています。

出典：小規模事業者持続化補助金＜一般型 通常枠＞第20回 公募要領 第8版 p.12『業績が赤字の事業者に対する追加要件』

グループ会社や複数の法人でそれぞれ申請できる？

親会社が議決権の50%超を持つ子会社や、同じ代表者の会社は「1社」とみなされ、グループで1件しか申請できません。社長個人が複数の会社の議決権をそれぞれ50%超持つ場合も同じです。

この「みなし同一法人」（制度によっては「みなし同一事業者」）は、補助金を分けて取ることを防ぐための決まりです。子会社の下の孫会社、ひ孫会社も、議決権50%超でつながっていれば同じグループに入ります。配偶者や親子など生計が同じ家族の持ち分は、1人分として合算されます。

同じグループとみなす範囲を制度ごとに並べた表です。

新事業進出・ものづくり補助金と省力化投資補助金は、グループの複数社が申請すると、申請した全社が要件を満たさない扱いになります。1社だけでなく全部が対象外になる点に注意してください。

補助金を受ける目的で主要株主や出資比率を変えて申請することも認められていません。判定の具体例はものづくり補助金のみなし同一法人で図解しています。

出典：デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠 公募要領（第7回からの改訂版） p.13『2-1-2 申請の対象外となる事業者』

申請前に準備するものは？GビズIDプライムと決算書

6制度とも電子申請で、GビズIDプライムのアカウントが必要です（持続化補助金はGビズIDメンバーでも可）。決算書は制度により直近1期分から3期分まで求められ、取得に時間がかかるGビズIDから先に手続きします。

GビズIDプライムは書類申請だと最大1か月

GビズIDプライムとは、法人の代表者や個人事業主が補助金の電子申請に使うアカウントです。発行にかかる日数は、公募要領ごとに書き方が違います。

• 事業承継・M&A補助金：1週間から2週間程度、混雑時は3週間程度
• 成長加速化補助金：2週間程度かかる場合がある
• 新事業進出・ものづくり補助金：1週間程度
• 持続化補助金：数週間程度（GビズIDメンバーでも申請可、暫定GビズIDプライムは不可）

GビズID公式サイトは2026年7月9日に、書類申請の審査期間を「最大2週間から最大1か月に変更」と告知しています。オンライン申請を使えるかどうかは事業区分やマイナンバーカードの有無で決まるため、公式サイトの案内で判定してください。取得の手順はGビズIDプライムの取得方法で説明しています。

制度ごとの主な提出書類

法人の場合に申請時に出す主な書類を並べた表です。

持続化補助金の事業支援計画書は申請の締切より前に発行の締切があり、第20回は申請締切が2026年12月15日（火）17:00、様式4の発行受付締切が2026年12月4日（金）です。デジタル化・AI導入補助金は、IPAの「SECURITY ACTION」の一つ星か二つ星の宣言も済ませておきます。

締切、補助上限、補助率は公募回ごとに変わるため、最新の公募要領で確認が必要です。

出典：事業承継・M&A補助金（16次公募）事業承継促進枠 公募要領 p.2『注意』

専門家から見たポイント：対象かどうかで迷いやすい3か所

対象者の判定で迷うのは、株主構成、従業員の数え方、グループ内の取引の3か所です。採択後に判明すると採択や交付決定が取り消される場合があるため、申請前に公募要領で確かめます。

よくある失敗

• 社長が別会社の代表も務めていて、2社から同じ公募回に申請してしまう
• 役員や同居の家族を「従業員」に数え、小規模事業者や補助上限の区分を誤る
• 補助金の対象に入るために資本金を減らしたり従業員を減らしたりする（新事業進出・ものづくり補助金では、申請時点にさかのぼって対象外になる場合がある）
• GビズIDを外部の支援者に貸す（省力化投資補助金では「事業の遂行に主体的でない」とみなされ対象外）

出典：新事業進出・ものづくり補助金 第1回 公募要領 p.45『3-1. 書面審査』

自社に合う補助金の探し方：目的、規模、締切の順に絞る

使い道、従業員数、締切の3点を順に当てはめると、6制度から自社が申請できそうな候補を絞り込めます。対象者の要件を満たすかは、そのあとに公募要領で確かめます。

1. 使い道を決める：販路開拓なら持続化補助金、ITツールならデジタル化・AI導入補助金、人手不足対策の設備なら省力化投資補助金、新しい事業の設備なら新事業進出・ものづくり補助金、承継やM&Aなら事業承継・M&A補助金、売上高10億円以上で1億円以上の投資なら成長加速化補助金。
2. 規模を確かめる：商業・サービス業で従業員5人以下なら持続化補助金も候補に入ります。補助率の違いは補助金の補助率で比べられます。
3. 締切から逆算する：GビズIDの取得に最大1か月、持続化補助金なら事業支援計画書の発行締切も見込みます。

どの制度が自社に当てはまるかは、質問に答えるだけのAI診断で候補を出せます。制度ごとの締切と上限は補助金一覧で並べて見られます。

よくある質問

前期が赤字でも申請できる？

補助金を申請できない会社はある？

申請にはどんな準備が必要？

複数の法人でそれぞれ申請できる？

個人事業主でも使える？

医療法人や社団法人は申請できる？

創業したばかりでも申請できる？

Qほかの質問も見る補助金のよくある質問→

まとめ

申請できるかどうかは、業種ごとの規模の基準、大企業との資本関係、グループ内の申請数の3点でほぼ決まり、赤字は申請の可否よりも審査と補助率に関わります。次にやることは、株主名簿と役員の兼務を確かめ、GビズIDプライムが未取得なら手続きを始めることです。使えるか・採択の可能性を高めるには何が要るかは、専門家がお答えします。

参考資料

• 中小機構 中小企業成長加速化補助金（3次公募）公募要領 Ver1.4
• 中小機構 新事業進出・ものづくり補助金 第1回 公募要領
• 中小機構 中小企業省力化投資補助事業（一般型）公募要領（第8回公募）
• 中小機構 中小企業省力化投資補助事業（カタログ注文型）公募要領
• 中小機構 デジタル化・AI導入補助金2026 通常枠 公募要領（第7回からの改訂版）
• 事業承継・M&A補助金事務局 16次公募 事業承継促進枠 公募要領
• 事業承継・M&A補助金事務局 16次公募 専門家活用枠 買い手・売り手支援類型 公募要領
• 小規模事業者持続化補助金事務局 一般型 通常枠 第20回 公募要領 第8版（商工会議所地区）
• GビズID 公式サイト（2026年7月9日のお知らせ）

確認日：2026年10月13日

中小企業診断士 神谷 恒一が内容を確認しました（2026年10月13日）。