冷凍・冷蔵倉庫の省エネに使える補助金は？冷凍機の更新と採択事例

冷凍・冷蔵倉庫の電気代が上がり、古くなった冷凍機を省エネ型に替えたいが、どの補助金が使えて、いくら出るのかを知りたい方に向けた記事です。

省エネ・非化石転換補助金の公募要領、SIIが公開している活用事例、SIIが公表した冷凍冷蔵設備の型番をもとに、倉庫で使う所だけを整理します。

冷凍倉庫の補助金とは？

冷凍倉庫の省エネに使える補助金とは、庫内を冷やす冷凍機やクーラーを、電気の少ない機械に替える費用を国が一部出すしくみです。中心になるのは省エネ・非化石転換補助金で、窓口はSII（環境共創イニシアチブ）です。冷凍・冷蔵倉庫では、屋外の冷凍機（コンデンシングユニット）と庫内のクーラー（ユニットクーラー）が1日中動くため、ここを替えると電気代に効きます。

何を替えるかで、使う補助金は次の3つに分かれます。

詳しい条件を見る

出典・補足

出典：省エネ・非化石転換補助金 設備単位型 5次公募 公募要領 p.37『２－１．補助対象設備』

省エネ補助金で設備を入れるときの全体の流れは省エネ補助金は設備導入に使える？で取り上げています。

対象は冷凍冷蔵の指定設備

設備単位型で補助の対象になるのは、SIIが決めた省エネの基準を満たし、型番が公表された「指定設備」への更新です。指定設備は高効率空調、産業ヒートポンプ、業務用給湯器、高性能ボイラ、高効率コージェネレーション、低炭素工業炉、変圧器、冷凍冷蔵設備、産業用モータ、制御機能付きLED照明器具、工作機械、プラスチック加工機械、プレス機械、印刷機械、ダイカストマシンの15区分と「その他ＳＩＩが認めた高性能な設備」に分かれていて、冷凍・冷蔵倉庫で使うのは主に「冷凍冷蔵設備」の区分です。

冷凍冷蔵設備の区分には、電気冷蔵庫・電気冷凍庫・冷凍冷蔵庫、冷凍機内蔵形ショーケース、コンデンシングユニットと冷凍機別置型ショーケース、冷凍冷蔵ユニットが入ります。倉庫の冷凍機の更新なら、コンデンシングユニットか冷凍冷蔵ユニットを選ぶのがふつうです。どちらもインバーター方式か、5段階以上の容量制御ができることが条件で、冷凍冷蔵ユニットは庫内の温度ごとに成績係数の下限が決まっています¹。

SIIが公表した冷凍冷蔵設備の型番は、6種類に分けてメーカーごとに見られます。入れたい機種が対象かどうかは冷凍冷蔵設備の製品一覧で確かめられます。

今の機械や見積りの型番が分かっているときは、型番から探すページに入れると、対象の機種かどうかが分かります。

補助率と上限、出ない費用

設備単位型の補助率は1/3以内（中小企業者等・大企業・その他とも）、上限は1億円/事業全体（中小企業者等・大企業・その他とも）、下限は30万円/事業全体です²。今の公募の締切は2026年12月25日（金）17:00で、補助事業の期間は交付決定日から2028年1月31日（月）まで（5次は複数年度事業のみ。2年度目（最終年度）の完了期限）です。

注意したいのは、補助の対象が設備の本体だけという点です。設計費・運搬費・撤去費・据付や配管の工事費・消費税などは対象になりません。冷凍倉庫の更新は、冷媒配管の工事や古い機械の撤去にお金がかかるため、見積りでは本体と工事を分けて書いてもらいます。

申請には、原油換算で①計画省エネ率10%以上 ②計画省エネ量1kl以上 ③経費当たり計画省エネ量1kl/千万円以上 のいずれかを満たす計画が要ります。審査では、計画した省エネの量と率、経費あたりの省エネ量が比べられるため、省エネの量と率が大きい計画ほど評価されやすくなります。

会社のURLを入れるだけで、御社が補助金の対象になるかAIが確かめます。

専門家から見たポイント

SIIが公開している省エネ補助金の活用事例240件のうち、冷凍冷蔵設備を更新した事例は29件あります。この29件を数えると、業種は卸売・小売が14件、製造業が12件、運輸が2件でした。補助対象経費の真ん中は約1,195万円で、119万円の小さな更新から3億円を超える工場の更新まであります。

省エネ率を書いている20件では、真ん中の値が約45%でした。設備だけの省エネ率と事業所全体の省エネ率が混ざっているため目安です。冷凍ケースを冷凍機内蔵形に替えた東京都の小売の例は71.9%、冷凍機をインバーター搭載機に替えた北海道の工場の例は7.5%と、何をどう替えるかで大きく変わります。

省エネ補助金以外も含めた採択事例1,599件のうち、課題に設備の老朽化を挙げた事例は217件あります。冷凍機は壊れてから替えると交付決定を待てないため、古くなった段階で更新の計画を立てておくことが大切です。

設備単位型が向いている倉庫

冷凍機やユニットクーラーが古くなり、同じ能力の省エネ型に替えたい倉庫です。型番が公表された機種から選ぶため、省エネ量の計算をポータルの自動の計算で済ませやすく、計画書が短く済みます。

工事費が大きい倉庫

配管や冷媒の入れ替えまで含めて大きく作り替える倉庫です。設備単位型では工事費が出ないため、工事費も対象になる工場・事業場型と比べて、自社の負担がどちらが少ないかを見積りで確かめます。運送業の省エネの使い道は運送業が省エネ・脱炭素に使える補助金で取り上げています。

倉庫全体なら工場・事業場型

冷凍機を1台ずつ替えるのではなく、倉庫の冷却のしくみを自然冷媒（CO2やアンモニア）のシステムに作り直すときや、断熱や制御も含めて倉庫全体で省エネをするときは、工場・事業場型を考えます。設計して組むオーダーメイドの設備も対象になり、倉庫全体の省エネ量で計画を立てます。

中小企業が使いやすいのは中小企業投資促進枠で、補助率は中小企業投資促進枠・中小企業者等：1/2以内（投資回収年数5年未満の事業は1/3以内）。大企業・その他は対象外です。下限は100万円/年度（複数年度事業は初年度を除く）で、設備単位型より大きな工事に向いています³。工場・事業場型と設備単位型のちがいは省エネ・非化石転換補助金の補助金の詳しい条件にまとめています。

庫内の人手を減らす補助金

冷凍倉庫は、零下の庫内での入出庫やピッキングが体の負担になり、人が集まりにくい職場です。荷役の人手を減らしたいなら、省力化投資補助金のカタログ注文型で、自動倉庫や無人搬送車を販売事業者と一緒に申請できます。補助率は1/2以下。省力化製品の購入価格が製品毎に設定された補助上限額の2倍を上回る場合、補助率は1/2未満で、従業員6〜20人の会社の上限は従業員6～20人：750万円（大幅な賃上げを行う場合1,000万円）です⁴。

自動倉庫とピッキングの機械の選び方は自動倉庫・ピッキングの補助金で詳しく取り上げています。

カタログの製品は、低温の庫内で使えるかどうかが機種ごとに違います。庫内で使うときは、販売事業者に冷凍倉庫で使える機種かを先に確かめます。カタログ注文型の申請の流れは省力化投資補助金カタログ注文型の申請方法で取り上げています。

間違えやすい点

冷凍・冷蔵倉庫の省エネ補助金で間違えやすいのは、更新の条件と、補助されない費用です⁵。

1. 新しい倉庫は対象外：設備単位型は、国内で既に事業をしている工場・事業場等で、今使っている設備を更新すること（移転・集約時の更新も可）が条件です。新しく建てる倉庫に冷凍機を入れるだけでは申請できません。
2. 工事費は出ない：設備単位型は本体だけが対象で、冷媒配管の工事や撤去は自社の負担です。工事費も含めたいなら工場・事業場型を考えます。
3. 能力を大きく変えると計算が変わる：今の機械と新しい機械の冷凍能力が大きく違うときは、ポータルの自動の計算ではなく、自分で計算する独自計算を選び、能力を変えた理由の資料を求められることがあります。
4. 発注は交付決定の後：交付決定の前に注文・契約した機械は補助の対象になりません。夏の前に替えたくても、注文は交付決定の通知を受けてからにします。
5. 今の機械の資料を集める：省エネ量の計算には、今の冷凍機の定格消費電力などを示す製品カタログなどが要ります。古い機械ほど資料が見つからないので、早めに集めます。

倉庫の広さや温度帯、今の冷凍機の古さによって、どの補助金を選ぶか、どこまで工事を含めるかは変わります。御社の場合にどの形がよいかは、専門家に無料で相談して確かめられます。

専門家に無料で相談する

よくある質問

冷凍倉庫の屋根に太陽光発電を付ける費用は対象ですか？

倉庫を借りていても申請できますか？

中古の冷凍機に替えるときも対象ですか？

冷凍機と庫内の照明を一緒に替えられますか？

Qほかの質問も見る補助金のよくある質問→

出典（5件）

1. 省エネ・非化石転換補助金 設備単位型 5次公募 公募要領 p.111『別表1 ⑧冷凍冷蔵設備』
2. 省エネ・非化石転換補助金 設備単位型 5次公募 公募要領 p.38『２－３．補助率及び補助金限度額』
3. 省エネ・非化石転換補助金 工場・事業場型 5次公募 公募要領 p.30『1-14 補助率及び補助金限度額』
4. 中小企業省力化投資補助事業（カタログ注文型）公募要領 p.19『4-1(1) 補助対象事業の要件』
5. 省エネ・非化石転換補助金 設備単位型 5次公募 公募要領 p.37『２－１．補助対象設備』

参考資料

• 環境共創イニシアチブ「省エネ・非化石転換補助金 設備単位型 5次公募 公募要領」
• 環境共創イニシアチブ「省エネ・非化石転換補助金 工場・事業場型 5次公募 公募要領」
• 補助金の詳しい条件（省エネ・非化石転換補助金）
• 補助金の詳しい条件（省力化投資補助金）
• 冷凍冷蔵設備の製品一覧（SIIの公表型番）

確認日：2026年11月13日