事業承継・M&A補助金は業務システム・ITに使える？採択事例と注意点

事業を継いだ後に会社の業務システムを入れ替えたいが、システム開発の費用まで補助金で出るのか分からない。採択された使い道と経費の線を知りたい方に向けた記事です。

事業承継・M&A補助金は、事業承継やM&Aに伴う設備やシステムの導入などを補助する国の制度です。公募要領の内容は公募要領の台帳で確かめられます。

製造業が11件中3件で最多

業務システム・ITの採択事例11件を業種で分けると、製造業が3件で最も多くなります（採択事例のうち、2026年10月時点）。

割合は業務システム・ITの採択事例11件に対するもので、1つの事例は1つの業種として数えています。製造業では、承継を機に内製化や業務の一元化を進める例が見られます。

廃業する同業者の工場を引き継いだ例では、内製化率が10%から70%に上がり、納期が1日縮み、コストも約10%下がりました。

小売・卸売は倉庫と店舗を一本化

小売業・卸売業の2件は、引き継いだ倉庫や薬局の業務を、共通の端末やソフトにまとめた例です。

食品卸の例では、伝票入力から出荷指示までが大幅に速くなり、出庫作業の時間も短くなりました。薬局の例でも、店の間の人の行き来と調剤の作業が効率よくなりはじめています。

飲食・宿泊は予約と顧客を管理

飲食店・宿泊業の2件は、予約や顧客の管理をシステムで行い、客との接点を広げた例です。

宿がリフト券を売るアプリをつくった例では、アプリ経由の予約も入るようになり、予約は前年比500%以上に伸びました。寿司店の例では、記念日が近い客への案内で少人数の宴会が増えています。

医療・サービスは客との関係づくり

医療・福祉とサービス業の各1件は、会員証やオンラインの仕組みで、客との関係を深めた例です。

ゴルフ練習場の例では、リピート率が20%から45%に上がり、収益と労働生産性がそれぞれ5%ほど良くなりました。調剤薬局の例では、オンラインでの服薬指導と服薬中の確認が増え、患者のリピートにつながっています。

建設・専門サービスは自社ITを事業に

建設業と士業・専門サービス業の各1件は、社内で使うITや引き継いだ開発力を、新しい事業や取引先の開拓につなげた例です。

建設業の例では、従業員の意欲が上がり、中途採用にもつながりました。ソフト開発会社を引き継いだ例では、新しい取引先の口座を1社開き、留学生の新卒採用もできました。

対象は資本金と従業員数

御社が対象かは、資本金や従業員数、法人の形で決まります。確かめる項目は次の表のとおりです。

細かな条件は事業承継・M&A補助金の公募要領の台帳で確かめられます。

承継後に入れたい業務システムの計画が、御社の会社の形で対象になるかは、AIで3分ほどで確かめられます。

AIで対象か確認する

補助上限は賃上げ要件で変わる

補助上限は800万円（賃上げ要件を満たした場合1,000万円）です。補助額の決まりは次のとおりです。

• 補助率：小規模事業者等は2/3以内、それ以外は1/2以内。800万円超～1,000万円部分は1/2以内
• 800万円を超える部分：補助額の内800万円を超え1,000万円以下の部分の補助率は1/2以内
• 補助下限：100万円（補助対象経費×補助率が100万円を下回る申請は受け付けない）
• 廃業費を併用するとき：＋300万円（廃業費の補助率は事業費の補助率に従う）

専門家活用枠の補助上限は別の決まりのため、枠ごとの違いは公募要領の台帳で確かめられます。

出典：事業承継・M&A補助金 16次 事業承継促進枠 公募要領 p.19『10. 補助上限額、補助率等』台帳で見る

システム開発費は委託費の対象外

ソフトウェア・システム開発の費用は、委託費の区分では対象外です¹。業務システムの費用は委託費には入れられず、設備費や外注費の対象になるかを、表の各区分の決まりで確かめる必要があります。

業務システムの採択事例は業務システム・ITの採択事例で見られます。費用をどの区分に入れるかは、表の行を先に確かめてください。

採択率は公募回で変わる

事業承継・M&A補助金の採択率は、最新回（15次）で61.3%です。回ごとの推移は、次のグラフのとおりです。

採択されなかったときに理由を聞けるかは、補助金の不採択の理由は教えてもらえる？で取り上げています。

専門家から見たポイント

事業承継・M&A補助金の採択事例は、採択事例のうち141件（2026年10月時点）あります。そのうち業務システム・ITに使われたのは11件で、承継を機に業務の仕組みを変える計画が中心です。実例は事業承継・M&A補助金の採択事例で確かめられます。

業務の一元化から始める会社

買取・販売・在庫など、ばらばらのデータを一つにまとめる計画は、業務時間の短縮という成果を示しやすいです。

承継と同時に設備を入れる会社

設備費と業務システムを同じ計画に入れる場合は、システム開発費が委託費に入らない点を踏まえ、どの経費区分に入るかを先に整理すると進めやすくなります。

新しい事業を始める会社

既存のアプリを外販するなど、システムを新しい事業に生かす例も見られます。

承継の計画に業務システムを組み込めるか、費用をどの区分に入れるかは、専門家に無料で相談して確かめられます。

間違えやすい点

間違えやすいのは、譲り渡す側への支払いと、システム開発費の区分、中古品や不動産の扱いです。

1. 譲り渡す側への支払いは原則対象外。被承継者に支払う譲受費用（土地、資産購入費用等）など被承継者に支払う費用は原則対象外
2. システム開発を委託費に入れない。委託費は対象外の費用が決まっているため、システム開発費は経費区分の表で先に確かめます。
3. 中古品や不動産は設備費の対象外。中古品購入費、不動産の購入費、道路運送車両法の自動車の購入費（リース・レンタルは対象）
4. 共通の対象外経費がある。求人広告、通信運搬費、消耗品、研修費、税理士等の申告費用、公租公課、振込手数料、借入金利息等
5. 事例は過去の公募回のもの。紹介した事例で公募回が分かるものは、令和2年度の第3次補正予算から令和4年度の公募回までのもので、補助上限や経費の決まりは今の公募要領で確かめます。

採択後の手続きは事業承継・M&A補助金の採択後の手続きで取り上げています。

よくある質問

業務システムの開発費は補助の対象になりますか？

M&Aの専門家費用は、この補助金で使えますか？

紹介された事例の使い道は、今も同じように使えますか？

採択後に何を出せばよいですか？